Sinopsis:
Lanjutan dari Full Metal Panic season 1. Seri ini terjadi 2 bulan setelah peristiwa di Tuatha de Danaan.
Mithril menyadari ada suatu organisasi rahasia yang memiliki teknologi canggih dan mampu melawan mode ECS (Electronic Cloaking System). Organisasi ini yang dikenal sebagai Amalgam, juga memiliki "Teknologi Hitam." Diperoleh dari "Whispered" yang kemampuannya sama seperti Kaname Chidori, dan juga beberapa orang lain yg memiliki "Whispered." Mereka bermaksud meneliti lebih jauh lagi. Tetapi, waktu misi Sousuke untuk melindungi Chidori diakhiri/dialihkan oleh Mithril, semua terlihat seperti rencana dari Amalgam untuk memisahkan Chidori dari Sousuke.
